В апреле 1928 года поступил на военную службу в рейхсвер, рядовым в пехотный полк. С 1932 — унтер-офицер, с апреля 1934 — лейтенант. К началу Второй мировой войны — старший лейтенант, командир пехотной роты.
Участвовал во Французской кампании, награждён Железными крестами обеих степеней. С января 1941 — капитан.
С 22 июня 1941 года — воевал на Восточном фронте (группа армий «Центр»). С 20 июля — командир пехотного батальона. Был ранен.
В 1942 — бои в Демянском котле. В апреле 1942 — награждён Рыцарским крестом. С декабря 1942 — майор.
В 1943 — командовал полком 5-й егерской дивизии, произведён в подполковники, награждён Золотым немецким крестом.
В мае 1944 года за бои в районе Ковеля награждён Дубовыми листьями к Рыцарскому кресту. С сентября 1944 — полковник, командир 17-й пехотной дивизии. Бои в Польше. С декабря 1944 — генерал-майор.
В январе 1945 года в ходе крупного наступления советских войск, дивизия была окружена, Но под руководством Заксенхаймера сумела пробиться из окружения. Заксенхаймер в феврале 1945 был награждён Мечами (№ 132) к Рыцарскому кресту с Дубовыми листьями.
17-я пехотная дивизия была вновь окружена советскими войсками в Бреслау, однако Заксенхаймер вновь сумел вывести свою дивизию из котла. С боями дивизия пробилась в Судеты, где после 8 мая 1945 года сдалась в американский плен.
В апреле 1947 года генерал-майор Заксенхаймер был отпущен из американского плена.