Родился в 1875 году в городе Пренцлау. Окончил кадетский корпус, с 1894 года служил в пехоте.
В 1908 году ему было присвоено звание капитана.
В первую мировую войну служил командиром батальона, а с июля 1918 года — майор по особым поручениям при начальнике генерального штаба.
С 1922 по 1926 годы служил в министерстве обороны. В 1924 году — полковник, в 1929 году — генерал-лейтенант. В феврале 1930 года был уволен с действительной военной службы.
Во время войны Германии с СССР командовал частями обеспечения и тылом группы армий Центр.
Был одним из инициаторов создания коллаборационистских воинских частей и сторонником сокращения репрессий против местного населения в тылу немецкой армии.
По мере роста партизанского движения на оккупированной территории был вынужден уделять много внимания антипартизанским операциям.
Также был одним из активных проводников политики преследования и геноцида еврейского населения. В частности, согласно его приказу № 1 от 7 июля 1941 года вводились обязательные для ношения евреями с 10 лет нарукавные повязки белого цвета с нарисованной жёлтой звездой. 21 августа он же издал приказ, который в целях «строгого контроля за деятельностью евреев» запрещал им покидать район местожительства. Подчинённые Шенкендорфу войска отличались жестокостью и массовым участием в истреблении евреев.
Умер летом 1943 года в городе Карпач.