Начал профессиональную карьеру в 18-летнем возрасте в составе «Дефенсор Спортинга». Вместе с Альваро Гонсалесом он составлял костяк той команды несколько сезонов, который распался по окончании сезона 2006/07 — Гонсалес был продан в «Боку Хуниорс», а Перейра переехал в Португалию, где стал выступать за «Бенфику».
В сезоне 2007/08 Перейра в основном выступал на позиции правого полузащитника, а в сезоне 2008/09 был перемещён в защиту, поскольку из команды в «Реал Бетис» ушёл Нелсон Маркуш.
Первый матч за сборную Уругвая Макси Перейра провёл 26 октября 2005 года во встрече против Мексики. Довольно быстро он стал игроком основы «Селесте» и на данный момент провёл за команду свыше 60 матчей. Является полуфиналистом чемпионата мира 2010 года (в полуфинале на последних минутах его гол в ворота сборной Нидерландов позволил сократить до минимума отставание в счёте, но на то, чтобы сравнять счёт, у уругвайцев не хватило времени и голландцы выиграли 3:2), а также обладателем Кубка Америки 2011.