Мамедтаги Джафаров родился 15 июля 1936 года в селе Охчуоглы района Амасия Армянской ССР. Окончил среднюю школу в родном селе. В 1950—1954 году учился в Ереванском сельскохозяйственном техникуме.
В 1954 году поступил на агрономический факультет Азербайджанского сельскохозяйственного института.
С 1959 года работал агрономом, ассистентом, доцентом, профессором, заведующим кафедрой в Азербайджанском сельскохозяйственном институте.
С 1983 по 1989 год был ректором института.
С 1989 года — профессор кафедры почвоведения, в 1989 году избран заведующим кафедрой.
С 1995 года работал ректором Азербайджанского сельскохозяйственного института.
Мамедтаги Джафаров в 1964 году защитил кандидатскую диссертацию, в 1973 году — докторскую диссертацию. С 1989 года — член-корреспондент Академии наук Азербайджанской ССР, а в 2001 году избран действительным членом НАНА.
М. Джафаров изучал проблемы фосфатов в земледелии Азербайджана, баланс питательных веществ в основных зонах земледелия республики. Им разработаны основы системы дифференцированного удобрения почв Азербайджана, даны рекомендации по составлению и использованию крупномасштабных почвенных карт, указаны принципы создания национальной системы мониторинга почв Азербайджана.
М. Джафаров — автор 157 опубликованных научных работ. Под его руководством подготовлено 15 кандидатов, 2 доктора наук.