В начале своей профессиональной карьеры Манфред Бургсмюллер играл за клубы «Рот-Вайсс» (Эссен) и «Байер 05», забивая в среднем по 16 голов за сезон.
В октябре 1976 года Бургсмюллер перешёл в «Боруссию» (Дортмунд). В этом клубе он играл исключительно на позиции полузащитника, однако забивал не менее 15 голов за сезон. В сезоне 1980/81 он показал свой лучший результат в Бундеслиге — 27 голов, лишь на два меньше, чем у Карла-Хайнца Румменигге, игравшего за «Баварию» (Мюнхен), ставшую чемпионом.
После единственного сезона, проведённого за «Нюрнберг», Бургсмюллер перешёл в клуб второй Бундеслиги «Рот-Вайсс» (Оберхаузен). Он помог команде избежать вылета в низший дивизион, забив за сезон 29 голов и став лучшим бомбардиром второй Бундеслиги.
В ноябре 1985 года Бургсмюллер, в возрасте почти 36 лет, вернулся в первый дивизион. Ветеран сыграл за «Вердер» 115 матчей, забил 34 гола и стал чемпионом Германии в сезоне 1987/88.
Всего в Бундеслиге Бургсмюллер сыграл 447 матчей, в которых забил 213 голов.