Учился на юридическом факультете Университета Коимбры. В молодости был членом Португальской коммунистической партии. Был призван в армию, служил на Азорских островах и в Анголе, где некоторое время провёл в тюрьме. С 1964 года — в эмиграции в Алжире, где работал на независимой радиостанции «Voz da Liberdade», вещавшей на португальском языке. После «революции гвоздик» вернулся в Португалию. После возвращения вступил в Социалистическую партию, и с 1975 года постоянно избирается от неё в парламент. В Социалистической партии считается представителем левого крыла.
В 2004 году участвовал в борьбе за лидерство в Социалистической партии, однако уступил Жозе Сократешу. В 2006 году баллотировался в качестве независимого кандидата на президентских выборах и собрал 1 138 297 (20,7%) голосов. Мариу Суареш, которого официально поддержала Социалистическая партия, набрал 785 355 (14,3%) голосов.
В 2010 году Мануэл Алегре выставил свою кандидатуру на очередных президентских выборах, которые пройдут 23 января 2011 года. На этот раз он баллотировался от Социалистической партии. Кроме того, его кандидатура была поддержана Левым блоком. По данным предвыборных опросов декабря 2010 года, рейтинг Алегре составлял, по разным оценкам, от 20,7% до 30%. В октябре рейтинг Алегре составлял 22%-33%. Таким образом, он считается главным оппонентом действующего президента Португалии Анибала Каваки Силвы.
Первая книга его стихов была издана в 1965 году; до 1974 года его произведения были в Португалии под запретом. Некоторые его стихотворения легли в основу песен.
Кавалер Большого креста и Ордена Свободы. В 2005 году в Коимбре в его честь был установлен памятник.