Мануэл Бенту начал свою футбольную карьеру в клубе «Риашенси», который базировался недалеко от Голегана. В 1965 году Бенту перешёл в клуб «Баррейренси», в течение четырёх лет Мануэл выступал за молодёжный состав клуб, а в 1969 году стал игроком основного состава. В возрасте 20 лет Бенту довольно быстро стал основным голкипером «Баррейренси», за три сезона Мануэл отыграл в чемпионате Португалии 82 матча. В 1972 году Бенту перешёл в «Бенфику», где основным вратарём в то время являлся Жозе Энрике. С 1973 по 1976 год Бенту довольно регулярно выступал за клуб, но основным вратарём он стал лишь в сезоне 1976/1977, когда ему было уже 28 лет.