Мануэль Пелегрина начал карьеру в клубе «Лавалье», выступавшем в его родном городе Сан-Висенте. В 1938 году он перешёл в клуб «Эстудиантес», который искал замену уходящему из спорта Энрике Гуаите. Пелегрина провёл в «Эстудиантесе» 12 лет, забив 221 гол, что до сих пор является рекордом клуба.
В 1953 году Пелегрина, вместе с партнёрами по команде, Рикардо Инфанте и Габриэлем Огандо, перешёл в «Уракан». Трансфер произошёл из-за давления на команду руководства Аргентины, включая президента, Хуана Доминго Перона, создавших «Комиссию по контролю» клуба и зарплат игроков, а также из-за того, что клуб вылетел во второй аргентинский дивизион. В «Уракане» Пелегрина провёл 29 игр и забил 10 голов.
Через год Пелегрина вернулся в «Эстудиантес», после решения по выплат игрокам и провёл в клубе ещё 3 года. Завершил карьеру Пелегрина в клубе «Дефенсорес де Камбасерес», который тренировал Альберто Сосая, с которым Пельегрина играл в «Эстудиантесе» в конце 1930-х.
В сборной Аргентины Мануэль Пелегрина провёл 4 матча и забил 2 гола. Он был участником чемпионата Южной Америки 1945, однако на турнире на поле не вышел. Небольшое число матче Пелегрины связано с тем, что его место на левом фланге нападения сборной занимали Феликс Лоустау и Энрике Гарсия.