Сын инфанта Фернанду, герцога Визеу и инфанты Беатрисы. Его отец был вторым сыном короля Эдуарда (Дуарти), а его мать — внучкой короля Жуана I. Мануэл стал наследником после гибели принца Афонсу, единственного законного сына короля Жуана II.
Мануэл продолжил политику своих предшественников, направленную на расширение владений Португалии. Его правление ознаменовалось эпохой географических открытий. При нём Васко да Гама достиг берегов Индии в 1498 году, а Педру Алвариш Кабрал открыл Бразилию. Это время было периодом высшего могущества Португалии, периодом её расцвета как морской державы.
По имени короля Мануэла I назван архитектурный стиль — мануэлину, в котором нашла свое выражение эпоха географических открытий.
В декабре 1496 года Мануэл I издал декрет об изгнании евреев из Португалии и обязательном крещении всех детей. 20 000 евреев покинули страну. Оставшиеся были подвергнуты насильственному крещению согласно декрету от 19 марта 1497 года.
В 1497 году Мануэл женился на Изабелле Астурийской (1470—1498), дочери Фердинанда II Арагонского и Изабеллы I Кастильской и вдове наследника престола инфанта Афонсу. Брачный договор требовал изгнания евреев из Португалии, что было незамедлительно исполнено. Год спустя Изабелла умерла при родах долгожданного наследника.
В 1500 году Мануэл женился на сестре Изабеллы, Марии Арагонской. Дети:
Третьей женой Мануэла стала племянница двух предыдущих — дочь их сестры Хуаны Безумной Элеонора Австрийская (1498—1558). Дети:
После смерти Мануэла в 1521 году от чумы, ему наследовал его сын от Марии Арагонской Жуан III.