После восстания в Арекипе, организованного Луисом Мигелем Санчесом Серро против президента Аугусто Легии и отстранения его от власти, Мануэль Понсе был назначен временным президентом до решения вопроса о передачи власти новому президенту. В конечном итоге был выбран Санчес Серро, который через два дня после отставки Легии прилетел в Лиму и взял власть в свои руки.
Мануэль Понсе умер в Лиме в 1966 году на 89 году жизни.