Мануэль Нойер родился в Гельзенкирхене (Германия). С 5 лет начал заниматься в футбольной школе клуба «Шальке-04». В 2003 году 17-летний вратарь начал играть за резервную команду «Шальке-04» в Региональной лиге, но вылетел вместе с ней в четвёртый немецкий дивизион, где и провёл целый сезон.
В сезоне 2005/06 был призван в первую команду в качестве запасного голкипера, место в основе тогда занимал Франк Рост. В бундеслиге, тем не менее, Мануэль дебютировал лишь в августе 2006 года в матче с «Алеманнией» (1:0). После этого сыграл чуть позднее в матче десятого тура с «Баварией» (2:2), при этом его игра так понравилась главному тренеру гельзенкирхенцев Мирко Сломке, что он стал основным вратарем команды, а Рост в итоге перешёл в «Гамбург». Всего в сезоне 2006/07 Нойер в составе «Шальке-04» провёл 27 матчей.
20 апреля 2011 года клуб сообщил, что Нойер не будет продлевать контракт с «Шальке-04», который заканчивается по завершении сезона 2011/12, невзирая на неоднократные попытки руководства «Шальке» убедить его не покидать клуб, включая предложения с повышением сумм.
8 июня 2011 года «Бавария» подписала с вратарем пятилетний контракт на сумму в 18 миллионов евро плюс 7 миллионов в качестве бонусов за удачное выступление Нойера в мюнхенском клубе.
Мануэль выступал за различные молодежные сборные страны, за команду (в возрастной категории «до 21 года») он сыграл 9 матчей.
Впервые дебютировал за сборную Германии по футболу 2 июня 2009 года в товарищеском матче против сборной ОАЭ. Победу одержала команда Германии со счетом 7:2. На чемпионате мира 2010 года, где немцы стали бронзовыми призёрами, участвовал во всех встречах своей команды, кроме игры за третье место. После ЧМ-2010 стал первым вратарём немецкой сборной.