Политическую карьеру начал в правительстве Мариано Игнасио Прадо, где был министром финансов. Является основателем Банка Перу (исп. Banco del Per?) и Гражданской партии Перу.
В 1872 году Пардо выиграл президентские выборы и должен был вступить в должность 2 августа того же года. Однако эти планы нарушил военный министр генерал Томас Гутьеррес, который сначала пытался уговорить президента Хосе Бальта устроить переворот и не уходить со своего поста, а после отказа последнего сам со своими братьями устроил переворот и объявил себя Верховным главнокомандующим Перу. В результате последовавших волнений арестованный президент Хосе Бальта был казнён сторонниками Томаса Гутьерреса, в этот же день сам Томас Гутьеррес был подвергнут суду Линча негодующей толпой сторонников бывшего президента, фактически страна оказалась без двух руководителей в один день. После этих событий и после двух временных президентов 2 августа Мануэль Пардо наконец возглавил Перу.
Основным своим делом на посту президента Мануэль Пардо считал социально-экономическое развитие страны, также он пытался уменьшить влияние военных на политику государства и всячески уменьшить их представительство во власти. В своё правление он также реформировал систему образования в стране, отменил дорожные сборы и внутренние таможни, которые находились в ведении у глав регионов Перу.
Истощение запасов гуано и кризис европейской банковской системы, который воспрепятствовал взятию новых ссуд, привели экономику Перу к тяжёлому кризису. Для замены основного источника дохода с гуано была предпринята попытка перенастроить основную часть доходов на производство селитры. Вскоре в Перу вся селитряная промышленность была национализирована.
После завершения своего срока Пардо передал страну в управление своему избранному преемнику, полковнику Мариано Игнасио Прадо, который уже занимал ранее пост президента.
Впоследствии Мануэль Пардо заседал в конгрессе Перу. Он был убит в Лиме 16 ноября 1878 года в возрасте 44 лет. Его сын Хосе Пардо и Барреда тоже стал президентом Перу, этот пост он занимал два раза в 1904—1908 и в 1915—1919 годах.