Окончил Царскосельскую гимназию (1900) и Военно-медицинскую академию (1906 год). В 1911 году защитил диссертацию, затем уехал в Париж.
Автор многочисленных научных трудов, в точности по иммунологии и инфекционной патологии. Разработал новые методы лечения легочного туберкулеза и воспаления легких, примянял облучение рентгеновскими лучами.
Успешно лечил М. Горького, с семьёй которого прожил более 2 месяцев.
С 1914 года в России.
После Февральской революции 1917 года избран секретарем оргкомитета «Свободной ассоциации для развития и распространения положительных наук». Весной 1917 года стал врачом Чрезвычайной следственной комиссии, созданной Временным правительством (Трубецкого бастиона Петропавловской крепости); оставлся на этом посту и после прихода к власти большевиков.
Активный деятель политического Красного Креста. Благодаря его вмешательству были освобождены представители царского режима. Во время Гражданской войны помощник Д. Заболотного в Институте экспериментальной медицины. В 1919 г. М. возвратился в науку и начал работать в эпидемиологическом отделе Института экспериментальной медицины у Д. К. Заболотного в Петрограде, где изучал возбудителей «испанки» и других особо опасных инфекций. Весной 1920 г. М. принял решение поехать в длительную командировку во Францию и обратился с просьбой к Горькому помочь ему с выездной визой. Особый отдел ВЧК отложил разрешение на получение визы, но в декабре 1921 г. (после неоднократного обращения Горького к Ленину) семья М. все же покинула Россию.
Во Франции М. был частнопрактикующим врачом по специальности «внутренние болезни и туберкулез». Известно, что он лечил Д.Мережковского. Его имя встречается в списке членов Общества русских врачей имени Мечникова в Париже.
В 1922 году Иван Манухин безуспешно лечил от туберкулёза новозеландскую и британскую писательницу Кэтрин Мэнсфилд, которая обратилась к нему за консультацией. Его «революционный» метод лечения, который заключался в бомбардировке рентгеновскими лучами её селезёнки, привел к тому, что у Мэнсфилд появились вспышки жара и онемение в ногах. Год спустя Мэнсфилд умерла от лёгочного кровоизлияния в возрасте 34 лет.
С 1924 по 1948 г. по французских научных изданиях М. опубликовал ряд дискуссионных статей, посвященных актуальным проблемам иммунологии, радиобиологии, эндокринологии. С 1921 года во Франции. Автор мемуаров.