Мануил был вторым сыном основателя династии Великих Комнинов императора Алексея I. С 1244 года Мануил I стал вассалом монгольского великого хана Угэдэя, который в это время разгромил войска Конийского султана и его союзников, в том числе и трапезундцев. В свое правление Мануил построил храм и монастырь Святой Софии вблизи Трапезунда, а кроме того добился от Константинополя права рукоположения епископов Трапезундской митрополии на месте. Немалые успехи были достигнуты и во внешней политике. В 1246 году Мануил лично посетил ставку сына Угэдэя великого хана Гуюка. Верный политический выбор императора был вскоре вознагражден. 24 июня 1254 г. Мануил отвоевал у сельджуков Синоп. Для последующих поколений понтийцев эпоха Мануила I представлялась чуть ли не золотым веком в истории Великих Комнинов: в конце XIV века Панарет писал, что Мануил был "воинственнейший и удачливейший", "царствовал добро и богоугодно". После смерти Мануила в марте 1263 года ему наследовал его сын Андроник Великий Комнин.