Мать Мары Уилсон, Сьюзен Шапиро, была родом из пригорода Чикаго Нортбрука, штат Иллинойс, умерла от рака молочной железы в 1996 году, когда Маре было 9 лет, во время съемок фильма «Матильда».
Первыми главными ролями молодой актрисы можно считать роль в фильме режиссера Криса Коламбуса «Миссис Даутфайр» в 1993 году, а затем роль в одноимённом римейке фильма «Чудо на 34-й улице» Леса Мэйфилда в 1994.
В 1995 году актриса получила премию «молодая звезда года». Роли в прошлых фильмах привлекли внимание Дэнни Девито, и привели к тому, что она снялась в главной роли «Матильда», снятой по очень популярной детской книге Роальда Даля. Уилсон получила «премию молодого актера» за роль в фильме «Простое желание» в номинации «Лучшая в художественном фильме ведущая молодая актриса» и премию молодой звезды за фильм «Матильда» в номинации «Лучшая молодая актриса в комедийном фильме». Она была дважды номинирована на кинопремию Сатурн за лучшую роль молодой актрисы за фильмы «Матильда» и «Простое желание». Ее появление в фильме «Томас и волшебная железная дорога» была последней главной ролью до настоящего времени.