В 1999 году стал победителем чемпионата России среди футболистов 1982 года рождения в составе московского «Торпедо» и удостоился титула лучшего нападающего. Весной 2000 года стал игроком московского «Локомотива» и дебютировал в основе в октябре того же года, выйдя на замену во втором тайме товарищеского матча с ЦСКА. В июне 2001 года выиграл Кубок России, отметившись голевой передачей в драматичном финальном матче, где «Локомотив» обыграл махачкалинский «Анжи» в серии пенальти. В том же году Марат провёл свои первые матчи в еврокубках, где также отметился забитыми голами. По итогам сезона «Локомотив» занял второе место в чемпионате России, а Марат был признан одним из лучших игроков сезона и стал лауреатом премии «Стрелец» в трёх номинациях, впервые в истории присуждения этой премии: «Лучший атакующий полузащитник», «Самый ценный игрок» и «Надежда сезона».
В 2002 году стал чемпионом России в составе «Локомотива».
В последующие сезоны чередовал отличную игру и тяжелые травмы. В итоге к сезону 2007 года занял постоянное место на скамейке запасных и вскоре был отдан в аренду в лиссабонский «Спортинг».
Всего за московский клуб провёл в различных турнирах 167 матчей, забил 26 голов.
В Португалии показал гораздо более уверенную и качественную игру, в итоге, по окончании сезона португальский клуб выкупил его трансфер. В июле 2010 года получил травму на летнем сборе «Спортинга» во Франции, из-за которой был вынужден покинуть сбор. 9 августа 2010 года португальское издание A Bola сообщило, что Марат намеревается покинуть «Спортинг», так как психологически больше не в состоянии выступать за команду, где провёл три сезона и стал одним из её ведущих и самых популярных среди болельщиков игроков. Кроме того, A Bola указало, что Марат при поддержке португальского профсоюза профессиональных футболистов намеревается подать судебный иск на решение «Спортинга» оштрафовать футболиста на две трети месячной зарплаты за отказ принять участие в матче прошлого розыгрыша Лиги Европы против мадридского «Атлетико». Информация была продублирована российской газетой «Спорт-Экспресс». 10 августа в том же A Bola появилась новость, что полузащитником интересуется казанский «Рубин», но в тот же день заявил, что не ведёт переговоров о переходе из «Спортинга» ни с «Рубином», ни с каким-либо другим российским клубом, а «Спортинг», в свою очередь, выступил с заявлением, из которого следовало, что в клуб не поступало никаких предложений относительно россиянина и что лиссабонцы рассчитывают на полузащитника, с которым у них действует контракт до 2013 года. Марат отметил, что находится в «очень хороших» отношениях с тренерами «Спортинга» и партнёрами по команде и что, «в принципе, его всё устраивает».
После травмы, полученной в июле 2010 года, до конца сентября проходил консервативное лечение, однако ожидаемого результата оно не принесло. 23 сентября 2010 года прибыл в Германию, для того, чтобы обсудить ситуацию с врачом, который окончательно убедил его в неизбежности хирургического вмешательства. В начале октября 2010 года ему предстояла очередная операция на коленном сухожилии. Лечением в мюнхенской клинике «Богенхаузен» руководил хирург Людвиг Зеебауэр, который уже оперировал правое колено Марата в июле 2009 года. Согласно заявлениям руководства «Спортинга», минимальный срок восстановления игрока оценивался в три месяца.
В сезон 2011—2012 принял участие уже в стартовом матче против команды Ольяненси, где забил гол, позволивший Спортингу не проиграть (матч закончился со счётом 1:1)
В 2001 году был вызван сначала в молодёжную сборную России, а затем и в первую, в составе которой сыграл два матча на чемпионате мира 2002 года и два матча на чемпионате Европы 2004 года.
Откорректировано по состоянию на 12 сентября 2011
Итого: 31 матч / 2 гола; 12 побед, 10 ничьих, 9 поражений. (откорректировано по состоянию на 18 марта 2010)