В профессиональном теннисе с 2003 года. Первый турнир АТР выиграл в 2003 году в польском Сопоте вместе с Мариушом Фирстенбергом. В 2004 Мариуш и Марцин побеждают на турнире Баия, а также принимают участие в теннисном турнире на Олимпийских играх, где польская пара выбывает уже в первом раунде. С 2005 по 2007 год, выигрывает еще 4 турнира: дважды (2005 и 2007) в польском Сопоте и по одному разу в Бухаресте и Вене. В 2006 году впервые смогли дойти до полуфинала Турнира Большого шлема. На Открытом чемпионате Австралии они проиграли Мартину Дамму и Леандру Паесу 2-6, 4-6.
В 2008 Матковский и Фирстенберг выигрывают еще один турнир на родине в Варшаве и принимают участие во второй для себя Олимпиаде. В Пекине им удалось дойти до четвертьфинальной стадии, где они проиграли будущим серебряным призерам шведам Симону Аспелину и Томасу Йоханссону. В октябре 2008 года сумели выиграть первый турнир серии Мастерс. В Мадриде в финале были обыграны Махеш Бхупати и Марк Ноулз со счетом 6-4, 6-2. В июне 2009 года Мариуш и Марцин выигрывают турнир на травяном покрытие в британском Истбурне. В сентябре им удается победить в Куала-Лумпуре. Это победа становится десятой в их карьере.
На Открытом чемпионате Франции в 2010 году Матковский и Фирстенберг сумели дойти до четвертьфинальной стадии. В июне они защищают свой титул на турнире в Истбурне. На Открытом чемпионате США, как и во Франции пробиваются в четвертьфинал.