В правление Мардук-апла-иддина, воспользовавшись слабостью Вавилонии, ассирийский царь Ашшур-дан I в 1161 г. до н. э. захватил, и присоединил к своему царству несколько вавилонских городов, расположенных в пограничной области у Нижнего Заба.
Его приемник Забаба-шум-иддин, видимо, не состоял с ним в родственных связях и захватил престол с помощью силы, что и могло вызвать эламское нашествие в его правление.
Мардук-апла-иддина правил 14 лет.