Поднял восстание против эламитов и после победы восставших провозгласил себя царём. Но столицей государства Мардук-кабит-аххешу сделал не Вавилон, а Исин. Хотя он называл себя царём Исина, но, также он принял и титул царя Вавилона; правда, не известно правил ли он в этом городе или только использовал этот славный титул для поднятия своего престижа. Мардук-кабит-аххешу приходилось постоянно сдерживать набеги и нападения со стороны эламитов, однако Эламу всё же не удалось свергнуть II династию Исина.
Правил Мардук-набит-аххи-шу 18 лет.