После смерти отца поделил царство со своим братом Мардук-бел-усати. Мардук-закир-шуми взял север страны с Вавилоном, а Мардук-бел-усати достался юг. Однако Мардук-бел-усати на юге вступил в соглашение с халдеями и вместе с ними двинулся на Вавилон,изгнав брата. Тогда вавилоняне обратились за помощью к Салманасару III царю Ассирии. Последний, с готовностью двинулся на Вавилон и выгнал Мардук-бел-усати, который бежал в горы. Затем Салманасар двинулся в Халдею, разрушая крепости халдейских князей. Халдеи принесли дань. Вавилон, Борсиппа, Куту встретили Салманасара как избавителя. Ассирийский царь восстановил в этих городах жертвенники, оскверненные халдеями, и принёс богам торжественные жертвы. Однако за эту услугу Мардук-закир-шуми был вынужден уступить ассирийцам значительные территории, и стал фактически вассалом ассирийского царя.