Марек Холли родился 20 августа 1973 года в деревне близ словацкого города Мартин, в который его семья переехала, когда Мареку было 10 лет. Влюбился в футбол во время Чемпионата мира 1986. В местном клубе «Мартин» из третьего дивизиона чемпионата Словакии началась его футбольная карьера. Затем попал в молодёжную команду «Дукла» из города Банска Бистрица. Затем Марека забрали в армию, потом он работал на заводе, затем вернулся в «Мартин».
В 1993 году Марека пригласили в чешскую «Сигму», и он принял это предложение. В «Сигме» Холли играл хорошо, его даже хотел купит французский «Нант», однако в 1997 футболист получил травму и новый тренер был им недоволен. Тогда Холли перешёл в словацкий «Слован», однако вскоре президента этого клуба убили, у клуба начались финансовые затруднения. Холли отказался ухудшать условия своего контракта и был отправлен в дубль. И тогда Холли вновь решил сменить клуб, перейдя в 1999 в нижегородский «Локомотив», который тогда тренировал Валерий Овчинников.
В середине сезона-99 Холли пригласили в ЦСКА. Долматовская команда находилась тогда на подъёме, готовилась к выступлениям в Лиге Чемпионов. По окончании сезона срок аренды закончился и Марек перешёл в владикавказскую «Аланию». В 2000 ЦСКА выкупил Холли, а в 2001 он был продан в «Анжи». В 2002 Холли выступал за клуб первого дивизиона «Волгарь-Газпром».