Отец Марека по национальности македонец, эмигрировавший из Греции в Чехословакию во время гражданской войны, мать — чешка.
Один из лучших левых защитников Европы. Начинал карьеру в чешском «Банике». С 2000 года играет в Италии. После нескольких превосходно проведённых сезонов в «Удинезе», Янкуловского приобрёл «Милан», где он быстро вышел на первые роли. В 2007 году стал обладателем лигочемпионского кубка и Суперкубка.
В составе национальной сборной Чехии провёл более 60 матчей. Свой первый матч провел 8 февраля 2000 года против сборной Мексики. Выступал на чемпионатах Европы 2000, 2004, 2008, года, на чемпионате мира 2006 года.