Вырос в Германии. Первый значительный пост получил в 1973 г., заняв место генеральмузикдиректора во Фрайбурге. Затем в 1975—1979 гг. работал в этом же качестве в Дортмунде. В 1983—1986 гг. возглавлял Ливерпульский филармонический оркестр, затем в 1986—1990 гг. Гюрцених-оркестр в Кёльне. Одновременно в 1984 г. Яновский стал музыкальным руководителем Филармонического оркестра Радио Франции и находился на этом посту до 2000 г. В 2001—2004 гг. Яновский руководил Дрезденским филармоническим оркестром. В настоящее время Марек Яновский стоит у руля сразу трёх коллективов: Филармонического оркестра Монте-Карло (с 2000 г.,), Симфонического оркестра Берлинского радио (с 2002 г.) и Оркестра романской Швейцарии (с 2005 г.).
Яновский считается специалистом по немецкой музыке XIX века, в диапазоне от Бетховена до Рихарда Штрауса, и в особенности по Брамсу и Вагнеру.