Маргарет Рутерфорд родилась в пригороде Лондона 11 мая 1892 года. Она была единственным ребёнком в семье мистера и миссис Уильям Рутерфорд Бенн. Её отец страдал от умственной болезни и умер вскоре после рождения дочери. Младенцем она была перевезена в Индию, где воспитывалась до трёх лет, а после смерти матери вновь вернулась в Великобританию, где стала жить вместе с тётей. Образование Рутерфорд получила в Высшей школе Уимбилдон.
Свою карьеру она начала как учитель ораторского искусства и лишь в 1925 году, в возрасте тридцати трёх лет, дебютировала на сцене театра Олд Вик в Лондоне. В кино она начала появляться в середине 1930-х годов. в основном в комедиях. В 1945 году Маргарет вышла замуж за актёра Стрингера Дэвиса, с которым позже снялась вместе во многих фильмах.
В 1961 году Рутерфорд было присвоено звание Офицера Британской империи, а в 1967 году она получила повышение до ранга кавалерственной дамы.
В том же 1961 году актриса исполнила роль мисс Марпл в фильме «Убийство, сказала она» по роману Агаты Кристи «В 4.50 из Паддингтона», после чего сыграла её ещё в четырёх фильмах свободно базирующихся на романах Агаты Кристи, имевших зрительский успех. Эти фильмы носили комедийный характер, а мисс Марпл в исполнении Рутерфорд была энергичной, боевой женщиной, чем разительно отличалась от персонажа в оригинальных произведениях. По этой причине Кристи не была в восторге от игры Рутерфорд, однако посвятила ей свой роман «И, треснув, зеркало звенит…», вышедший в 1963 году.
В 1963 году Маргарет Рутерфорд стала обладательницей премий «Оскар» и «Золотой глобус» за исполнение роли герцогини Брайтонской в фильме «Очень важные персоны», где главные роли исполнили Элизабет Тейлор и Ричард Бёртон. У неё также была примечательная роль в фильме «Фальстаф» (1965), где она сыграла госпожу Квикли. Этот роль так понравилась королеве Елизавете II, что она присвоила Маргарет дворянское звание.
Последние годы своей жизни актриса страдала от болезни Альцгеймера. Она скончалась от пневмонии 22 мая 1972 года в небольшой деревне Калфонт-Сант-Питер в графстве Бакингемшир и была похоронена на кладбище при церкви Св. Джеймса в Джеррадс-Кросс. Её муж, Стригер Дэвис, умер спустя полтора года и был похоронен рядом с ней.