Мария Тюдор была младшей сестрой короля Генриха VIII, и её потомки упоминались в Акте о престолонаследии от 1543 года как основные претенденты на корону Англии после детей самого Генриха. После смерти своей матери, леди Элеоноры, в 1547 году, Маргарет заняла седьмое место в линии наследования.
К моменту начала царствования Елизаветы I в 1558 году, в живых из всех наследников оставались леди Фрэнсис Грей, её дочери Катерина и Мария и леди Маргарет. Фрэнсис Грей умерла в 1559 году. Катерина Грей скончалась в 1568 году, её сыновей объявили незаконнорожденными, так как её брак с Эдуардом Сеймуром, 1-м графом Хертфордом, был аннулирован. А в 1578 году умерла бездетной и Мария Грей. Таким образом, леди Маргарет стала первой в очереди на трон, но скончалась задолго до смерти Елизаветы.
Ещё в 1552 году Джон Дадли, 1-й герцог Нортумберленд, при поддержке короля Эдуарда VI планировал сосватать Маргарет за своего сына, Гилфорда, но её отец был против этого брака. Годом позже, в июне 1553, посол императора Карла V сообщал, что мужем Маргарет станет брат Нортумберленда, Эндрю Дадли. Однако вскоре к власти пришла Мария I Тюдор, и Дадли оказались в немилости.
7 февраля 1555 года с позволения новой королевы леди Маргарет Клиффорд вышла замуж за Генри Стэнли, 4-го графа Дерби. Венчание состоялось в Уайтхолле, на нём присутствовали Мария и Филипп II Испанский.
В 1579 году за обсуждение возможной женитьбы герцога Алансонского на королеве Елизавете, Маргарет была арестована. Она была против этого брака, так как он представлял угрозу её правам на наследование английского престола. Тогда её обвинили в том, что посредством чёрной магии она пыталась предсказать, когда умрёт королева, и даже намеревалась отравить её. Уже одного предположения о смерти правящего монарха было достаточно для обвинения в государственной измене, что каралось смертью. Графиню поместили под домашний арест. Она написала сэру Фрэнсису Уолсингему, настаивая на своей невиновности и заявляя, что Уильям Рэндалл, ещё один обвиняемый в колдовстве, на самом деле её врач, живший с ней, потому как мог лечить «болезнь и слабость моего тела». Позже Рэндалл был казнён. Против графини обвинений выдвинуто не было, но она была отлучена от двора. Маргарет отправила несколько посланий Елизавете, жалуясь на то, как тяжело она переживает немилость её величества, а также страдает от требований кредиторов.
Леди Маргарет Стэнли скончалась 29 сентября 1596 года, по-прежнему пребывая в опале. Её место в линии наследования заняла её внучка, леди Энн Стэнли, старшая дочь Фердинандо. Но ни ей, ни её сёстрам не довелось взойти на трон Англии, так как преемником Елизаветы стал Яков I, потомок Маргариты Тюдор.
Дети Маргарет Клиффорд и Генри Стэнли: