Родилась в семье Александра Моисеевича Эскина и Зинаиды Сергеевны Карпович. Обучалась на театроведческом факультете ГИТИСа имени А. В. Луначарского. После его окончания пришла работать на Центральное телевидение, где проработала более 20-ти лет. Участвовала в создании таких популярных программ как «Алло, мы ищем таланты!», «А ну-ка, девушки!», «Аукцион» Владимира Ворошилова, «От всей души», «КВН».
Эскина возглавляла отдел в Оргкомитете «Олимпиады-80». В период с 1981 по 1987 годы работала в Союзгосцирке, была завлитом в «Театре на Таганке», начальником репертуарного отдела Управления культуры Мосгорисполкома.
С 1987 года и до самой смерти она возглавляла Центральный Дом актера имени А. А. Яблочкиной, первым руководителем которого (с 1937 года) был её отец — Александр Моисеевич Эскин, легендарная фигура театральной Москвы.
С 1999 года Эскина вела регулярный телецикл «Дом Актёра» на телеканале «Культура».
Похоронена на Донском кладбище, на Второй аллее, 4 участок (Новое Донское кладбище), вместе с отцом.
Маргарита Эскина — лауреат международных премий «Афина» (1993) и «Оливер» (1999), в 2001 году ей было присвоено звание академика Международной академии театра, а в 2008 году газета «Московский комсомолец» назвала Эскину Человеком года.