Маргарита Французская родилась 5 июня 1523 года в замке городка Сен-Жермен-ан-Ле недалеко от Парижа. Она была младшей из семи детей короля Франции Франциска I и его жены Клод. Мать девочки умерла, когда ей был всего год.
Позднее Маргарита была очень близка со своей тёткой Маргаритой Наваррской и женой старшего брата, Генриха, Екатериной Медичи.
В 1550 году Маргарите был дарован титул герцогини Беррийской.
В конце 1538 года Франциск I и император Священной Римской империи Карл V пришли к решению о браке сына Карла — Филиппа и дочери Франциска — Маргариты. Но договорённость недолго оставалась в силе, и брак был расстроен.
Впоследствии, третьей женой Филиппа стала племянница Маргариты, дочь её брата Генриха, Елизавета Валуа.
Брак Маргариты состоялся только через 20 лет. В 1559 году она обвенчалась с герцогом Савойским Эммануилом Филибертом. Невесте к тому времени было тридцать шесть лет, жениху — тридцать один.
Через три года после свадьбы у супругов родился их единственный ребёнок — сын, которого нарекли Карл Эммануил.
В 1585 году Карл Эммануил женился Каталине Австрийской, дочери Филиппа II Испанского и Елизаветы Валуа. В этом браке родилось 10 детей.