С 1941 года М. И. Матусевич исполняла обязанности заведующего кафедрой фонетики и методики преподавания иностранных языков филологического факультета ЛГУ, а в 1943 году была утверждена в этой должности, которую занимала до 1966 года, когда её сменил Л. Р. Зиндер.
В 1943 году М. И. Матусевич защитила диссертацию кандидата филологических наук на тему «Введение в общую фонетику с приложением системы фонем ербогоченского говора эвенкийского языка на основе экспериментальных данных».