Родилась в семье педагогов. Отец был преподавателем изобразительного искусства, а мать сурдопедагогом. В 1954 году поступила на отделение сурдопедагогики Ленинградского государственного педагогического института им. А. И. Герцена. Окончила дефектологический факультет Ленинградского государственного педагогического института им. А. И. Герцена в 1959 году с отличием. В 1959—1962 годах работала в Сибири заместителем директора по учебно-воспитательной работе Кемеровской школы для глухих детей, а потом инспектором специальных школ Кемеровского областного отдела народного образования. С 1962 года — учитель русского языка и литературы ленинградской школы № 3 для слабослышащих. После аспирантуры (1963—1966 годы) работала ассистентом, затем старшим преподавателем и доцентом кафедры сурдопедагогики Ленинградского государственного педагогического института им. А. И. Герцена. В 1970 году защитила кандидатскую диссертацию на тему «Эстетическое восприятие живописи слабослышащими учащимися».
С 1974 по 1999 год — заведующая кафедры сурдопедагогики, в период 1994—2002 годов — декан факультета коррекционной педагогики (в Российском государственном педагогическом университете имени А. И. Герцена).
В 1984 году защитила докторскую диссертацию на тему «Совершенствование литературного образования слабослышащих школьников» и получила звание профессора. С 1992 года — член-корреспондент Российской Академии Образования.
С 2006 года по настоящее время — научный консультант факультета дефектологии Ленинградского государственного университета им. А. С. Пушкина. Заведует лабораторией диагностики и коррекции психических и сенсомоторных нарушений.
Общее количество публикаций М. И. Никитиной — около 200 в области коррекционной педагогики и специальной психологии, включая федеральные учебники, монографии, учебно-методические пособия, программы курсов.
Количество диссертаций, успешно защищенных под руководством М. И. Никитиной, — 20 кандидатских и 4 докторских диссертации.