Выросла в Санкт-Петербурге, училась на филологическом факультете Российского педагогического университета. С 1994 года проживает в Сан-Франциско, где продолжила обучение в местном университете. Имеет также образование программиста.
Дебютировала в литературе публикациями рассказов в альманахах «Вавилон» (1996) и «Митин журнал». Лауреат премии Андрея Белого в номинации «Проза» (2003) «за героическое неразличение реального и возможного миров, за книгу „Сражение при Петербурге“ — побочный трофей этого неразличения». Лауреат «Русской Премии» за 2008 год в номинации «Малая проза» за книгу «Моя преступная связь с искусством». Лауреат премии «Вольный Стрелок» (2009).
Библиография
- Сражение при Петербурге : [Рассказы и эссе] / Маргарита Меклина. — М. : Новое Литературное Обозрение, 2003. — 363,[1] с. ; 19 см — (Soft Wave). Содерж.: Разд.: Построение стен; Матримонии; Ирландские сказки; Альбом Альфреда Лесли Сати; Сражение при Петербурге; Измена; Слайды. — ISBN 5-86793-239-7.
- У любви четыре руки : [Рассказы, совместно с Лидой Юсуповой] / Маргарита Меклина. — М. : Квир, 2008. — 177 p. : ports. ; 19 cm. — ISBN 978-5-91108-012-5.
- А я посреди: Рассказы. — М.: АРГО-РИСК; Книжное обозрение, 2011. — 72 с. — (Серия «Воздух: Малая проза», вып. 3) — ISBN 5-86856-210-0.
- Моя преступная связь с искусством: [Рассказы]. — М.: Русский Гулливер/Центр современной литературы, 2012. — 368 с. — ISBN 978-5-91627-081-5.