Родился в Риге, в семье Эдуарда и Луизы Скуениексов. Участвовал в революции 1905 года. С 1907 года обучался в Москве, где работал статистиком. В 1911 году один из первых предложил идею об политической автономии Балтии. В декабре 1926 года возглавил латвийское правительство. В июне 1927 года подписал с Москвой Торговый договор — первый после Мирного договора 1920 года между Латвией и Советской Россией документ об экономическом сотрудничестве. В январе 1928 года Маргерс Скуениекс ушел в отставку, однако в декабре 1931 года снова возглавил правительство до отставки в марте 1933 года. В 1919 году организовал Государственное статистическое управление. Маргерс Скуениекс также занимал пост министра финансов.
После оккупации Маргерс Скуениекс был арестован и в 1941 году расстрелян.