Профессиональную карьеру начал в 1996 году в клубе «Гуменне» из одноимённого города, провёл в его составе 52 матча, забил 1 гол, после чего, в 1999 году перешёл в братиславский «Интер», за который выступал до 2004 года, проведя за это время 115 матчей, забив 5 мячей в ворота соперников и став, вместе с командой, дважды чемпионом Словакии, один раз бронзовым призёром и дважды обладателем Кубка страны.
В июле 2004 года пополнил ряды клуба «Жилина» из одноимённого города, где и доиграл сезон, проведя 35 матчей и забив 9 голов, чем помог команде завоевать титул вице-чемпиона Словакии. В сезоне 2005/06 сыграл 19 матчей, забил 3 гола, после чего перешёл в братиславский клуб «Артмедиа Петржалка», в составе которого и доиграл сезон, проведя 14 матчей, забив 1 гол и став, во второй раз в карьере, вице-чемпионом страны. В следующем сезоне клуб повторил достижение, а Мариан сыграл 27 матчей и забил 6 мячей. Сезон 2007/08 стал самым успешным для Чишовского за время выступлений в «Артмедии», он провёл 28 матчей и забил 7 мячей, а его команда сделала «золотой дубль», выиграв в том сезоне чемпионат и Кубок страны. Примечательно, что в карьере Мариана это был уже 3-й «золотой дубль», первые 2 были ещё в составе «Интера».
В сезоне 2008/09 сыграл 5 матчей в чемпионате и 6 матчей, в которых забил 2 мяча, в предварительных раундах Лиги чемпионов, после чего переехал в Румынию, в клуб «Тимишоара» из одноимённого города, с которым подписал контракт на 3 года, сумма трансфера составила 450.000 ?. В составе нового клуба дебютировал 13 сентября в выездном матче против клуба «Университатя» из города Крайова, в котором его команда одержала победу со счётом 3:1. Всего за «Тимишоару» в том сезоне провёл 27 матчей, забил 3 мяча и стал, вместе с командой, вице-чемпионом Румынии и финалистом Кубка страны. В розыгрыше Кубка сыграл 4 матча, в том числе принял участие в прошедшей 13 июня 2009 года в городе Тыргу-Жиу финальной встрече, в которой его команда уступила клубу ЧФР из города Клуж-Напока со счётом 0:3. В той игре Чишовский провёл на поле весь матч, на 76-й минуте получил жёлтую карточку.
Участвовал в Олимпийских играх 2000 года, сыграл в 2 встречах: 14 сентября вышел в стартовом составе и отыграл весь проходивший в Брисбене матч против сборной Бразилии, в котором словаки уступили со счётом 1:3, а Мариан «отметился» на 68-й минуте автоголом, и 20 сентября вышел на замену на 69-й минуте проходившего в Канберре матча против сборной ЮАР, в котором словаки добились победы со счётом 2:1.
В составе главной национальной сборной Словакии выступает с 2002 года.
Чемпион Словакии: (2)
Бронзовый призёр чемпионата Словакии: (1)
Обладатель Кубка Словакии: (2)
Вице-чемпион Словакии: (1)
Чемпион Словакии: (1)
Вице-чемпион Словакии: (2)
Обладатель Кубка Словакии: (1)
Вице-чемпион Румынии: (1)
Финалист Кубка Румынии: (1)