Окончил русскую гимназию в Минске (1879). Учился на Историко-филологическом отделении Петербургского университета, затем в Дерптском университете (1879—1883). Совершенствовался в Загребе и Женеве. С 1888 жил в Кракове. Преподавал в краковском Ягеллонском университете (доктор 1889; доктор габилитированный 1894); доцент (1889), профессор экстраординарный (1899), профессор ординарный (1908). Член-корреспондент (1903), позднее действительный член Академии наук в Кракове. Один из основателей Славянского клуба в Кракове (1901) и его печатного органа «?wiat s?owia?ski» (1901—1914).
Годы Первой мировой войны провёл в России (Раков, Судерве, Москва, Петроград). Февральская революция застала его в Финляндии. С 1919 года заведующий кафедрой всемирной литературы виленского Университета Стефана Батория; в 1920 году переименована в кафедру сравнительных литератур. В 1920—1931 читал лекции по русской литературе, духовным основам современной европейской культуры. В 1921—1922 годах декан гуманитарного отделения, в 1925—1927 ректор Университета Стефана Батория. Сотрудничал с Училищем политических наук при Обществе изучения Восточной Европы. Был председателем Профессионального союза польских литераторов в Вильне, председателем Общества друзей науки в Вильне (1928), попечителем Союза русских студентов УСБ. Член Венгерской Академии наук (1928), действительный член Варшавского учёного общества (1929). В связи с 50-летием научно-литературной деятельности в 1933 году удостоен званий доктора honoris causa Университета Стефана Батория и Тартуского университета. В 1938 году в связи с 55-летием научной и литературной деятельности Здзеховскому было присвено звание почётного профессора УСБ. Звание присваивал президент Польской Республики по представлению министра вероисповеданий и просвещения; если звание доктора honoris causa означало моральную связь между его носителем и учебным заведением, то звание почётного профессора позволяло читать лекции в университете.
Переписывался с Л. Н. Толстым и его окружением, посетил Ясную Поляну, общался с писателем. Был знаком и переписывался с русскими общественными и политическими деятелями, публицистами, писателями, учёными Н. С. Арсеньевым, Н. А. Бердяевым, С. Н. Булгаковым, Д. С. Мережковским, Л. Ф. Пантелеевым, А. Л. Погодиным, П. Б. Струве, с братьями Сергеем, Евгением и Григорием Трубецкими, Д. В. Философовым, Б. Н. Чичериным, С. Ф. Шараповым и др.
По инициативе Здзеховского в 1932 году был образован комитет по сооружению памятника на могиле умершего в 1929 году выдающегося виленского публициста Чеслава Янковского на кладбище Росса. Спустя год был установлен памятник по проекту Болеслава Балзукевича и Фердинанда Рущица в виде обелиска с урной наверху, барельефным портретом Янковского и надписью на латинском языке Qui nunquam queivit quiescit («Покоится, кто никогда не пребывал в покое») .
Автор изданных на русском языке под псевдонимом М. Урсин книг «Очерки из психологии славянского племени» (Санкт-Петербург, 1887) и «Религиозно-политические идеалы польского общества» (Лейпциг, 1896). Основные труды на польском языке по литературной славистике и компаративистике «Мессианисты и славянофилы» (1888), «Байрон и его эпоха» (1894, 1897) и многих других. Особенное внимание уделял русской религиозной мысли и сопоставлению русского и польского мессианизма.
Определяющей чертой русской души считал максимализм, размах которого мог очаровать поляков. Вместе с тем максимализм ведёт к антиномичности стиля жизни и склонности к крайностям: анархия и культ деспотического государства, мечта о братстве всех людей и неуважение к другим национальностям. Максимализм, сводя каждый вопрос к дилемме либо всё, либо ничего. Так как достижение абсолюта невозможно, максимум перерастает в отрицание действительности, в слепое и жесткое в своей решительности разрушение во всех сферах морали, социальной и государственной жизни. Максимализм порождает характерные для России, по мнению Здзеховского, противоречия, например, стремление к святости и безудержное наслаждение грехом, истовая вера и безбожие. Крайнее выражение русского максимализма с его религиозностью и жаждой разрушения Здзеховский видел в большевизме. Отдавая должное глубине русской религиозной мысли и литературы, он полагал опасным и разрушительным русское влияние на польскую душу.
Участвовал в русской печати (журнал «Северный вестник», газеты «Новости», «Рассвет»; «Московский Еженедельник» и др.), выступая главным образом по вопросам польско-русских и польско-австрийских отношений, умонастроений польского общества, новым веяниям в католическом богословии.
В виленский период, за исключением немногих собственно литературоведчесих работ (например, о литовско-белорусском начале в польскоязычном творчестве Владислава Сырокомли) сосредоточился на судьбах европейской христианской культуры, после катастрофы России, как вопринималась им революция, вставшей на краю гибели. Скептически оценивал перспективы европейской культуры и моральное состояние польского общества, упадок которого усматривал в повсеместном распространении мещанской пошлости и легкомысленном отношении к большевизму, недооценке его угрозы самому существованию цивилизации.