Семья: отец Рубен — тренер по теннису, мать Мария Эмилия, младший брат Мауро, младшая сестра Мария Паула.
Женат с 2003 года, жена Соль.
Кумиры среди спортсменов Диего Марадона и Майкл Джордан.
Увлекается футболом, болеет за аргентинский клуб Бока Хуниорс
Любимое покрытие — Грунт.
В теннис Мариано Пуэрта начал играть в пять лет, благодаря отцу Рубену, который является тренером по теннису. Профессиональная карьера началась в 1998 году. В октябре этого года он выигрывает первый титул на турнире ATP в итальянском Палермо. В 2000 побеждает на турнире в Боготе. Третий свой титул он добывает в 2005 году на турнире в Касабланке. В этом же году выходит в финал на турнире Большого шлема Открытом чемпионате Франции. В финале Пуэрта проигрывает испанцу Рафаэлю Надалю 7-6, 3-6, 1-6, 5-7, для которого эта победа стала первой в карьере на Открытом чемпионате Франции.
В 2003 году на турнире в Винья-дель-Маре допинг-проба дала положительный результат на Кленбутерол. Пуэрта был дисквалифицирован на девять месяцев и заплатил штраф в размере $5600. В 2005 году после успешного выступления на Открытом чемпионате Франции, где Мариано дошел до финала, в его крови были обнаружены следы стимулирующего вещества этилэфрина. В итоге он был дисквалифицирован на 8 лет, что стало самым большим сроком в истории тенниса. Так же Пуэрта должен был вернуть все призовые деньги, заработанные на Открытом чемпионате Франции и на турнирах после него. Позже восьмилетний срок ему сократили до двух лет и в 2007 году он вернулся на корт.