Мария была седьмым ребёнком в семье герцога Бургундии Филиппа II Смелого и его жены Маргариты Фландрской. Она родилась в Дижоне в сентябре 1380 или 1386 года.
27 октября 1401 года вышла замуж за графа Савойского Амадея VIII. Церемония бракосочетания проходила в Аррасе в провинции Артуа, которая находилась во владении матери невесты.
Первая дочь супругов родилась 13 мая 1405 года. Девочку назвали Маргаритой. Всего у пары было девять детей, пятеро из которых достигли взрослого возраста.
Умерла Мария 2 октября 1422 года. Похоронена в фамильном склепе Савойской династии в Откомбском аббатстве.