С будущим мужем познакомилась в Панаме, где работала танцовщицей в ночном клубе. Вместе с Пероном переехала в Испанию в 1960 году. Под давлением церкви Перон был вынужден жениться на ней (хотя Исабель была моложе его на 35 лет).
Когда Перон начал возвращаться в политику, Исабель нередко ездила по его поручениям в различные страны Южной Америки и в Испанию. В это время с ней познакомился философ-мистик Хосе Лопес Рега, который вплоть до её отстранения от власти оказывал на неё большое влияние. Под давлением своей супруги Перон назначил Лопеса своим личным секретарём, позднее тот стал министром. Впоследствии Хосе Лопес Рега стал лидером аргентинских «эскадронов смерти» — праворадикального Антикоммунистического аргентинского альянса.
В отличие от прежней супруги Перона, Евы (Эвиты) Перон, которую она напоминала внешне, Исабель была достаточно слабовольной и не играла активной роли в политике.
Когда Перон решил в 1973 году в третий раз баллотироваться в президенты Аргентины, он выдвинул свою супругу в вице-президенты. Вскоре после победы на выборах Хуан Перон скончался, и в 1974 году Исабель Перон автоматически стала главой государства. Занимала должность президента Аргентины с 1 июля 1974 по 24 марта 1976. Смещена с должности в результате переворота, который организовал генерал Хорхе Рафаэль Видела. Находилась под домашним арестом, в 1981 году выслана в Испанию.
Исабель была первой в мире женщиной, занимавшей пост президента какого-либо государства (хотя она и не была избрана на этот пост), и первой женщиной во главе республики Западного полушария.
В январе 2007 г. в Аргентине был выдан ордер на задержание Исабель Перон, которую считают причастной к убийствам и исчезновению сотен аргентинцев и поэтому требуют её экстрадиции По оценкам правозащитных организаций, в 1974—1976 годах от рук членов Антикоммунистического аргентинского альянса, действовавшего, как утверждают, с личной санкции Исабель Перон, в стране погибли почти полторы тысячи левых активистов. В 2008 году Национальный суд Испании отклонил запрос Буэнос-Айреса об экстрадиции Исабель Перон, постановив, что срок исковой давности истек, следовательно необходимости в экстрадиции нет.