В июне 1760 года Мария вышла замуж за своего дядю, младшего брата её отца, дона Педру (1717—1786), который автоматически стал королем-консортом Педру III после её вступления на престол. Дети:
В феврале 1777 года, после смерти отца, Мария была провозглашена королевой Португалии вместе с мужем, королём-консортом Педру III. Первым делом королева уволила премьер-министра маркиза де Помбала, который приобрёл большую власть при её отце.
1 октября 1777 года во дворце Ла-Гранха Мария I подписала новый мирный договор положивший конец Испано-португальской войне 1776-1777 годов.
Примечательными событиями её правления были членство Португалии в Вооружённом нейтралитете с июля 1782 и уступка Австрией Португалии в 1781 году залива Мапуту.
Королева Мария страдала религиозной манией и меланхолией, что после 1799 года сделало её неспособной к выполнению королевских обязанностей. Регентом при ней до самой её смерти был сын Жуан.
Отказ Португалии в 1807 году присоединиться к континентальной блокаде Великобритании послужил последней каплей в и так нелегких испано-португальских отношениях. Испания, бывшая под властью Франции, вторглась в Португалию во главе с генералом Жюно. По настоянию британского правительства вся королевская семья сбежала в Бразилию и установила правительство в изгнании в Рио-де-Жанейро. 23 декабря Жюно официально стал главнокомандующим Армией Португалии. 1 февраля 1808 года, Наполеон назначил его генерал-губернатором Португалии, фактически сделав Жюно правителем новой вассальной территории французской империи.
1 августа 1808 года британский генерал Артур Веллингтон высадил в Лиссабоне британскую армию и таким образом начал войну на Пиренейском полуострове.
25 сентября 1808 года генерал Джон Мур был назначен командующим английским экспедиционным корпусом (около 35 тыс. чел.) в Португалии. 16 января 1809 года англичане были разгромлены в сражении при Ла-Корунье, а Джон Мур погиб.
В 1815 году правительство регента присвоило Бразилии статус королевства, и Мария была объявлена Королевой Португалии и Бразилии. Когда Наполеон был наконец побеждён в 1815 году, Мария и её семья остались в Бразилии. Там Мария умерла 20 марта 1816 года. Погребена в Лиссабоне в базилики-да-Эштрела
Её сын регент официально стал королём Жуаном VI.