Когда в марте 1826 года умер дед Марии король Португалии Жуан VI, возникла проблема престолонаследия. Его сын Педру в 1822 году провозгласил независимость Бразилии и стал там императором Педру I. Другой его сын, Мигел был сослан в Австрию за попытки революции против либерального правления отца. Незадолго до смерти, Жуан VI назначил дочь Изабеллу Марию регентшей до момента когда «его сын вернется в королевство», но не уточнил какой из двух сыновей.
Отец Марии, Педру, не желал видеть на престоле брата, поэтому он предложил взаимовыгодное решение: отдать Марию замуж за Мигела, который будет регентом до ее совершеннолетия. Мигел сосласился, но приехав в Португалию в 1828 году, сместил Марию и провозгласил себя королем.
Мария была отправлена в июле в Англию, от которой ждали помощи против Мигела, когда же эти ожидания не оправдались, она в 1829 году снова вернулась в Рио-де-Жанейро. Сложив с себя в апреле 1831 года императорские полномочия в Бразилии и оставив престол сыну Педру II, Педру повез свою дочь в Европу, поселил ее в Париже и начал с Мигелом войну, которая продолжалась три года и окончилась изгнанием последнего из Португалии в мае 1834. Провозглашенная королевой в Лиссабоне, 23 сентября 1833 года, Мария в 1834 была признана совершеннолетней и после смерти своего отца, бывшего регентом, стала во главе управления страной.
В 1842 году, королева Мария получила от папы римского Григория XVI Золотую розу. Это искусственная роза с лепестками из золота, которой папа римский редко и в исключительных случаях награждает католических принцесс и женщин-монархов.
Во время правления Марии произошло революционное восстание 16 мая 1846, но оно было сокрушено войсками роялистов 22 февраля 1847, и Португалия избежала переворота, какие происходили в то время в Европе.
Королева Мария да Глория умерла при родах в 1853 году. С ее смертью в Португалии прекратилась династия Браганса.
В январе 1835 года, в возрасте пятнадцати лет, Мария вышла замуж за Августа, герцога Лейхтенбергского (1810—1835), сына Евгения Богарне. Через два месяца ее супруг скончался.
В январе 1836 года Мария вступила в брак с Фердинандом Саксен-Кобург-Готским (1816—1885), который правил вместе с ней в качестве короля-консорта под именем Фернанду II. Выжившие дети (принадлежат уже к династии Кобург-Браганса):