Родилась в Петербурге, в многодетной семье мелкого чиновника. Из-за болезни родителей (паралич матери и психическое заболевание отца) вынуждена была с 11 лет зарабатывать себе на хлеб: работала прачкой, мыла полы, писала прошения и письма на почте, выступала статисткой в украинской театральной труппе. Окончила гимназию, затем — два курса Петербургского психоневрологического института. В 1910 году вышла замуж за своего сокурсника Глеба Орестовича Шкапского.
После Ленского расстрела вышла на демонстрацию к Казанскому собору, была арестована, две недели просидела в тюрьме. Через год снова была арестована, после двух месяцем тюрьмы была приговорена к высылке в Олонецкую губернию, однако вместо этого, по ходатайству московского филантропа Н. А. Шахова, ей вместе с мужем разрешено была выехать в Европу. Закончила литературный факультет в Тулузе, затем прослушала годичный курс китайского языка в Париже. На Западе познакомилась с известными русскими литераторами.
В 1916 году вернулась в Россию.
В начале 1920-х годов по рекомендациям А. Блока, М. Кузмина и М. Лозинского была принята в члены петроградского Союза поэтов, представив к рассмотрению ещё не опубликованную книгу стихов «Mater Dolorosa» (1921). Всего в 1922—1925 годах издала семь поэтических сборников, а также книгу стихов для детей.
В 1925 году оставила поэзию и занялась журналистикой. Работала в газете «Правда» и в ленинградской «Красной газете». Работая разъездным корреспондентом, побывала в самых разных уголках страны — в Белоруссии, в Средней Азии, в Сибири, в Узбекистане, на Дальнем Востоке.
В 1927 году переехала в Москву.
После Великой Отечественной войны работала в изданиях Антифашистского центра.
Интересовалась собаководством, устраивала выставки собак, вывела породу коричневых пуделей с различными оттенками.
Скоропостижно скончалась от инфаркта 7 сентября 1952 года на выставке собак в Сокольниках.
Похоронена в Москве, на Введенском кладбище.
В периодике появилась впервые в 1910 году со стихотворением на смерть Льва Толстого.
Ранние стихи Шкапской, составившие сборник «Час вечерний» (1922), написаны в духе умеренного акмеизма и достаточно традиционны. Напротив, поэзия Шкапской начала 1920-х годов очень самобытна. Шкапская разрабатывала преимущественно тему «женской Голгофы» — страстного пути любовницы, жены, матери. Её поэзии присуще сочетание натурализма с психологизмом, она посвящена темами потери девственности, зачатия, деторождения, аборта и т. д. Однако помимо модной проблемы «реабилитации плоти», все эти явления интерпретируются Шкапской в мистическом ключе. Через материнство лирическая героиня испытывает чувство мистической связи с матерью-землёй, а сама Россия, переживающая муки творения нового мира, предстаёт в стихах Шкапской роженицей. Вместе с тем в стихах ощущается неприятие крови, проливаемой во имя революции — с женской, «природной» мотивировкой, так как женщина-мать не приемлет насилия и убийства. Героиня её стихов предстаёт как хранительница древнего знания:
Характерной для Шкапской является форма стихов, записанных как проза, без специфической стиховой графики:
Особняком в творчестве Шкапской стоит выдержанная в экспрессионистской манере поэма «Явь» (1922) о зверствах гражданской войны.
Стихи Шкапской были сочуственно приняты самыми разными по идейным и творческим позициям писателями. Так, Павел Флоренский называл её «подлинно христианской — по душе — поэтессой» и ставил вровень с Цветаевой и Ахматовой. Максим Горький писал Шкапской: «До Вас женщина ещё не говорила так громко и верно о своей значительности». Тем не менее, в середине 1920-х годов творчество Шкапской подверглось резким нападкам советской критики: в ряде рецензий говорилось о «пагубности» мировоззрения поэтессы, «насквозь физиологичном и иррациональном», которое «заводит в тупик», а сама поэтесса была названа «эпигоном упадничества».
В результате во второй половине 1920-х годов Шкапская отошла от поэзии и в дальнейшем выступала в печати лишь с документальной прозой. По предложению Максима Горького, работала над историей завода им. Маркса. Вышли книги её очерков «Сама по себе», «Земные ремёсла», «Пятнадцать и один», «Вода и ветер».
В годы Великой Отечественной войны издала книгу «Это было на самом деле» о зверствах фашистов на оккупированной территории.
В 1968 году была издана книга очерков Шкапской «Пути и поиски». Её поэзия была почти забыта в СССР, и о ней вспомнили лишь в середине 1990-х годов. Первые книжные переиздания стихов Шкапской осуществлены в 1994 году.
Личный архив Шкапской хранится в Российском государственном архиве литературы и искусства (РГАЛИ. Ф. 2182).