После вступления на престол своего супруга имела большое влияние на политику, стремившуюся к восстановлению католицизма в Англии. Рождение ею 10 июня 1688 г. сына (впоследствии претендента Якова III) ускорило Славную революцию, свергнувшую Стюартов. 10 декабря 1688 г. Мария бежала с сыном во Францию и поселилась в Сен-Жермене, где осталась и после смерти мужа.