Эрцгерцогиня Мария Терезия Йозефа Шарлотта Иоганна родилась в Флоренции. Она была старшей дочерью и первым ребёнком в семье великого герцога Пьетро Леопольда Тосканского (позднее ставшего императором Священной Римской империи Леопольдом II) и его жены Марии-Луизы, урождённой принцессы Испанской. Своё имя принцесса получила в честь бабушки, императрицы Марии-Терезии.
8 сентября 1787 года Мария Терезия вышла замуж по доверенности за наследного принца Саксонии Антона; пара вновь повторила свои брачные обеты на бракосочетании в Дрездене 18 октября 1787 года. Ранее Антон был женат на Марии Каролине Савойской, умершей от оспы в 1782 году.
Опера Моцарта «Дон Жуан» была приурочена к визиту Марии Терезии в Прагу 14 октября 1787 года, а либретто были напечатаны с посвящением. Однако к нзначенному времени опера не была готова.
В мае 1827 года скончался брат Антона, король Фридрих Август, не имевший наследников мужского пола, и трон перешёл к её мужу.
Но спустя всего шесть месяцев, Мария Терезия умерла в Лейпциге 7 ноября 1827 года после непродолжительной болезни.
В браке родилось четверо детей, но все они умерли в младенчестве.