Мария Васильевна родилась 15 июня 1871 года в селе Бирюса Иркутской губернии. В 1881 году переехала в Красноярск. В 1890 году окончила Красноярскую женскую гимназию. Работала учителем географии в начальных классах Красноярской женской гимназии.
В 1892 году была избрана членом Красноярского Общества попечения о начальном образовании. По ее инициативе 2 января 1898 года в Красноярске был создан Подвижной педагогический музей наглядных пособий в помощь учителям губернии. Аналогичные музеи существовали только в Москве и Санкт-Петербурге. До 1908 года музей был единственным в Сибири. Педагогический передвижной музей выдавал наглядные пособия городским и сельским школам.
23 ноября 1914 года в Красноярске открылось отделение «Сибирского общества помощи больным и раненным воинам». Общество собирало информацию о раненных и больных сибиряках. На фронт Общество отправляло полевые госпитали, питательные отряды, медикаменты и т. д. Красножёнова была членом Общества.
Мария Васильевна основала педагогическую библиотеку. В 1915 году подарила личную библиотеку «Обществу взаимного вспомоществования учащим и учившим в Енисейской губернии». По инициативе Красножёновой в школьные программы Енисейской губернии был включён предмет «Сибиреведение». Мария Васильевна была руководителем кружка по сибиреведению при Доме юношества в Красноярске. В годы советской власти активно участвовала в ликвидации безграмотности. Преподавала в воскресных школах.
Более 30 лет работала в Красноярском краеведческом музее. В 1885 году нашла записи народных заговоров, сделанных её отцом. С 1885 года на протяжении 45 лет собирала фольклор во время экспедиций по Енисейской губернии. Собирала материалы по народной медицине, лекарственным травам, по фольклору. Красножёнова записала 200 сказок, тысячи песен и частушек, более ста заговоров, образцы детского фольклора, всего более 5000 текстов.
С 1907 года была членом Восточно-Сибирского отдела Русского Географического Общества.
В краеведческом музее организовала выставки «Старый Красноярск», «Суриковский уголок» и другие. Создала Отдел быта русского населения. Собрала коллекцию «История Сибирского тракта».
Мария Васильевна скончалась 5 октября 1942 года. Похоронена на Троицком кладбище Красноярска.
Золотая медаль Русского Географического Общества.
Мемориальная доска на здании бывшей женской гимназии в Красноярске — открыта в мае 2000 года.