Родился в деревне Бестужевке Самарской губернии, в крестьянской семье. Активно участвовал в революционном движении. Член РСДРП с 1893 года. После революции возглавлял Народный комиссариат путей сообщения. В январе 1919 года был назначен членом коллегии Народного комиссариата торговли и промышленности, но в марте того же года умер от сыпного тифа.
Похоронен в семейном некрополе Ульяновых на «Литераторских мостках» Волкова кладбища.
Жена — с 1889 года Анна Ильинична, сестра В. И. Ленина. Приёмный сын Георгий Яковлевич Лозгачёв.
В честь М. Т. Елизарова назван проспект и станция метрополитена «Елизаровская» в Санкт-Петербурге, улицы в Самаре и Харькове.
Сентябрь 1915 — сентябрь 1917 года — Петроград, Широкая ул., д. 52.