Футбольная карьера Уилсона началась в клубе «Данди Юнайтед», в который он пришёл в юношеском возрасте. Здесь же в 2000 году Марк подписал свой первый профессиональный контракт, здесь же дебютировал в Шотландской премьер-лиге в январе 2002 года. В апреле этого же года руководство «Юнайтед», чтобы не потерять перспективного молодого игрока, предложило Уилсону новый контракт сроком на два года, который шотландец подписал.
В следующем сезоне Марк уверенно закрепился в основном составе «чёрно-оранжевых». Свой первый гол за «Данди» Уилсон забил 7 декабря 2002 года в матче своей команды против «Хайберниана». Несколько дней спустя Марк был признан «Молодым игроком месяца» в шотландской Премьер-лиге. Сам игрок, комментируя это событие, сказал, что «для него получить такую награду — огромная честь». Незадолго до окончания сезона Уилсон и «Данди» подписали новое соглашение о сотрудничестве сроком ещё на три года.
В 2004 году в возрасте девятнадцати лет Марк впервые сыграл за молодёжную сборную Шотландии — в той игре, которая прошла 18 февраля на стадионе «Элмондвэйл» города Ливингстон, «тартановые» уступили сверстникам из Венгрии 1:2.
В ноябре 2004 года Уилсон был ошибочно удалён с поля в дерби против «Данди» за игру рукой, хотя при разбирательстве этого эпизода после матча, видеозапись момента ясно показала, что Марку мяч попал в голову. Тем не менее Шотландская футбольная ассоциация не стала отменять, положенную в таких случаях, дисквалификацию, мотивируя это тем, что в ином случае может создаться прецедент для будущих апелляций. Данное решение породило в шотландских СМИ достаточно обширные дискуссии — в итоге практически единодушно журналисты назвали приговор Ассоциации «большой ошибкой».
Через некоторое время к руководству «чёрно-оранжевых» обратился представитель английской Премьер-лиги, «Эвертон», с предложением о переезде шотландца в Ливерпуль на постоянной основе, однако стороны не смогли договориться о цене.
После того, как Уилсон отбыл месячную дисквалификацию, он был вызван в состав второй сборной Шотландии на игру против Германии. Марк вышел в этом матче в стартовом составе и отыграл его полностью. Сама встреча закончилась поражением «тартановой армии» 0:3.
Игра Уилсона на международной арене привлекла к его фигуре дополнительное внимание со стороны футбольных экспертов, которые в апреле 2005 года назвали Марка одним из главных претендентов на звание «Молодого игрока года». Практически сразу после этого несколько английских клубов заявили о своём интересе к шотландцу, а «Манчестер Сити» даже сделал предметное денежное предложение «Данди Юнайтед». Уилсон прекратил все пересуды относительно своего ухода, сказав, что «он польщён вниманием к своей персоне из Англии, однако в обозримом будущем предпочёл бы остаться в Шотландии». В августе 2005 года Марк подписал контракт с «Данди» ещё на два года.
В начале января 2006 года стало известно, что прошедшим летом помимо манкунианцев, к руководству «чёрно-оранжевых» по поводу Уилсона лично обращался главный тренер «Вулверхэмтона», Гленн Ходдл. Также велись переговоры с «Лидсом», «Харт оф Мидлотиан» и «Селтиком». В середине месяца было объявлено, что Марк близок к переходу в стан последних, а 16 января официальный сайт «Данди Юнайтед» объявил о том, что шотландец покидает команду и переезжает в Глазго. В первом интервью пресс-службе «бело-зелёных» Уилсон сказал о том, что "в его семье все являются ярыми болельщиками «кельтов». Условия сделки между «Селтиком» и «Данди» были таковыми — «Юнайтед» получили 500 тысяч фунтов стерлингов в качестве компенсации, ещё 125 тысяч получил сам Марк по условиям контракта.
Две недели спустя Уилсон дебютировал в составе «бело-зелёных». По иронии судьбы этим матчем стала игра его новой команды против «Данди Юнайтед». Тем не менее первый сезон Марка в Глазго оказался смазанным вследствие его частых травм, включающих даже перелом стопы и повреждение колена, после чего игроку потребовалось хирургическое вмешательство.
26 января 2011 года, отыграв за «Селтик» в матче против «Харт оф Мидлотиан», Уилсон провёл сотый официальный матч в бело-зелёной футболке «кельтов». 1 февраля того же года Марк забил свой первый гол за глазвегианцев, поразив ворота «Абердина».
(откорректировано по состоянию на 29 октября 2011)
За молодёжную сборную Шотландии футболист провёл 30 матчей. Был участником юношеского чемпионата Европы, проводившегося в 2001 году в Англии.
В первой сборной Шотландии Марк дебютировал 9 февраля 2011 года, выйдя на замену вместо Чарли Адама в матче первого тура Кубка наций 2011, в котором «тартановая армия» встречалась с Северной Ирландией.
Итого: 1 матч / 0 голов; 1 победа, 0 ничьих, 0 поражений.
(откорректировано по состоянию на 9 февраля 2011)
(откорректировано по состоянию на 9 февраля 2011)
«Селтик»
Сборная Шотландии