Марк Янко начал свою карьеру с самом обычном клубе, коим для него стала «Адмира Ваккер» из Мёдлинга, что в Нижней Австрии. После нескольких успешных сезонов в «Адмире», Янко перебрался в «Ред Булл» из Зальсбурга, став одним из ключевых игроков команды, на конец сезона 2005 года, забив 11 мячей в 10 матчах.
Сезон 2008-09, начался для Янко очень удачно, Марк забил 5 мячей в первых двух играх. 16 ноября, Янко побил рекорд результативности в команде за один сезон, забив к половине сезона 25 мячей. Марк, побил рекорд Оливера Бирхоффа с 23 мячами за сезон, державшийся с сезона 1990-91. Янко продолжил забивать, в ворота «Алтача», влетело еще 4 результативных удара от Янко. 6 декабря 2008 года, он побил рекорд результативности за полсезона Тони Палистора, забив в 20 матчах 30 голов. За тот сезон он сделал 5 хет-триков, покер во втором тайме матча с «Альтахом» («Зальцбург» проигрывал к перерыву 0:3, и мячи Янко, помогли команде одержать победу 4:3). В общем Марк Янко забил 39 мячей (плюс 9 голевых передач) и это только в 34 играх за «Ред Булл», команда, естественно одержала победу в чемпионате.
30 января 2009 года, Янко подписал с командой из Зальсбурга, новый контракт рассчитанный до июня 2013 года.
22 июня 2010, Янко подписал контракт с клубом «Твенте». Сумма сделки составила примерно ? 7 млн. Контракт между чемпионом Голландии и 26-летним футболистом рассчитан на четыре года, сообщает официальный сайт УЕФА.
23 мая 2006 года, Марк Янко в матче против Хорватии, дебютировал в национальной сборной Австрии. В 2008 году, Марк попал в предварительный состав футболистов сборной, принимающей ЕВРО 2008,но не задолго до турнира был отцеплен из списка тренером Йозефом Хикерсбергером. После чемпионата Европы, Янко, вновь вернулся в сборную, уже под руководством Карла Брюкнера. В товарищеском матче против ?, он забил первый гол за сборную, а также в отборочных матчах чемпионата мира, ему удавалось огорчать вратарей Франции и Сербии. 12 августа 2009, в товарищеском матче против Камеруна, Янко впервые вышел на поле в качестве капитана сборной.
Янко стал известен болельщикам после двух мячей за сборную Австрии до 21-го года, которые он отправил в ворота сверстников из Англии.
(откорректировано по состоянию на 19 января 2011)