Марко Донадель начал карьеру в молодёжном составе «Милана». С 2000 по 2002 год Донадель играл за основной состав миланского клуба, но провёл лишь 1 матч. Затем Донадель долго играл по «арендам», сначала в «Лечче», а затем в «Парме» и «Сампдории». В январе 2005 года Донадель был отдан в аренду «Фиорентине», а по окончании сезона клуб выкупил трансфер игрока за 1,3 млн евро. Там он играл в Центре поля, сформировав с Кристианом Брокки одну из сильнейших центральных линиц полузащиты серии А. В сезоне 2005-2006 Донадель получил тяжелую травму, но после восстановления вновь стал показывать высокий класс игры. 28 января 2007 года Донадель вновь получил травму, восстановление от которой заняло 4 месяца, а его место занял Риккардо Монтоливо, который даже после выздоровления Донаделя занял его место в основе команды.