Марин начинал свою карьеру в школе «Айнтрахта» (Франкфурт), затем перешел в школу «Боруссии» (Мёнхенгладбах). В сезоне 2006/07 Марин начал играть за дубль «Боруссии», сыграл 16 матчей и забил 3 мяча. 13 июня 2007 года Марин подписал профессиональный контракт с «Боруссией» на 3 года. В сезоне 2007/08 он был одним из лучших игроков в составе «Боруссии» и помог ей вернуться в Бундеслигу.
24 июня 2009 года перешёл в «Вердер». Сумма сделки составила 8 миллионов 200 тысяч евро. На 21.10.2011 трансферная стоимость игрока составляет 14.000.000 евро.
В 2007 году Марин начал вызываться в молодёжную сборную Германии, за которую провёл 11 матчей и забил один гол. Перед Евро-2008 Лёв включил Марина в расширенный состав сборной, но в основную заявку Марко не попал. 27 мая 2008 года Марин дебютировал за основную сборную в матче с Белоруссией. 20 августа Марин забил свой первый гол за сборную, отличившись в товарищеском матче с Бельгией.