Профессиональную карьеру начал в бразильском клубе Сан-Карлуш. В 2006 году юное дарование заприметил селекционер из ереванского «Арарата», куда Пиццелли вскоре перешёл. Дебют состоялся 30 апреля в игре против «Улисса». Пиццелли вышел на поле на 58-ой минуте матча заменив Тиграна Есаяна. Первый гол за «Арарат» провёл 16 июня, в игре против того же «Улисса». Первый сезон у Пиццелли ушёл на адаптацию, а со следующего стал забивать голы. Благодаря высокой результативности Пиццелли становился лучшим бомбардиром чемпионата Армении с 22-я (2007 год) и 17-ю (2008 год) мячами. В результате финансовых проблем, постигших «Арарат», руководство клуба приняло решение, по которому Пиццелли вынужден был перейти на правах аренды в любительский клуб 5-го дивизиона — «Арарат» (Исси-ле-Мулино).
Спустя полгода, летом 2009 года у Пиццелли закончился контракт с «Араратом», и в качестве свободного агента принял приглашение ереванского «Пюника». В июле был подписан долгосрочный контракт. В «Пюнике» завоевал чемпионские титулы (2009, 2010), а также становился обладателем кубка (2009, 2010) и суперкубка (2010) Армении. В 10-ом туре чемпионата Армении 2010 года, Маркос провёл 100 матч в Премьер-лиге за всю историю выступлений. В том сезоне Пиццелли в третий раз стал лучшим бомбардиром Армении совместно с Геворгом Казаряном. В середине следующего чемпионата Пиццелли с 8-ю мячами возглавлял бомбардирский список, но в этот момент поступило предложение из донецкого «Металлурга».
В июне 2011 года подписал контракт с «Металлургом», вместе с одноклубником из «Пюника» Геворгом Казаряном. В первом же официальном матче за донецкий клуб забил гол, причём этот гол, забитый Пиццелли в ворота одесского «Черноморца», стал единственным в матче. В выше уровнем чемпионата Пиццелли стало гораздо сложней играть. Забивать так, как это удавалось в армянском чемпионате, уже не получалось. Однако снижение статистических показателей связан не только с этим фактором. В «Металлурге», по замыслам тренера, Пиццелли пришлось действовать не на позиции центрального нападающего, а на позиции атакующего полузащитника. В редких случаях переходил на флангах средней линии.
В январе 2012 года Пиццелли пополнил состав краснодарской «Кубани». Ещё 2011 году, в матче между сборными России и Армении, игрока заприметил главный тренер «Кубани» — Дан Петреску. После длительного наблюдение за игрой Пиццелли, Петреску дал согласие на приобретение игрока. 13 января был подписан контракт на три года. 18 марта забил первый гол в российском чемпионате и принёс «Кубани» победу над «Рубином».
Натурализованный бразилец дебютировал в сборной Армении 22 мая 2008 года в матче против Молдавии, матч завершился со счётом 2:2, открыл счёт с передачи Левона Пачаджяна Маркос. Проведя 3 матча в том году, более не приглашался в состав сборной. После перехода в «Пюник» стал попадать в поле зрения тренеров и 12 августа 2009 года Маркос снова надел футболку сборной Армении. 8 октября 2010 года в матче против сборной Словакии стал автором голевого паса на Юру Мовсисяна, а несколько дней спустя стал автором 4-го гола в ворота сборной Андорры. Свой третий гол за национальную дружину Маркос Пиццелли забил в выездном матче с Россией (1:3). Свой четвёртый гол за сборную забил в выездном матче с Андоррой, в котором Армения победила со счётом 3:0.
В товарищеской игре, прошедшей 29 февраля 2012 года против сборной Канады, впервые отметился дублем в ворота соперников.