В 15 лет Маркус переехал в футбольную школу «Баварии», которая искала и до сих пор ищет лучших молодых игроков страны. С 18 лет стал играть за вторую команду «Баварии», где смог стать игроком основы. 31 октября дебютировал в составе мюнхенцев, причём дебют выпал на выездной матч группового этапа Лиги Чемпионов против пражской «Спарты», закончившемся победой «Баварии» со счётом 1:0. Маркус вышел в основном составе и провёл на поле весь матч. Дебют же в Бундеслиге выпал на 22 февраля 2002 года. В тот день проходил поединок против «Энерги», который мюнхенцы уверенно выиграли со счётом 6:0, Маркус вышел на поле на 65-й минуте, заменив Штефана Эффенберга.
Но заиграть в «Баварии» Маркус так и не смог. В январе 2004 года Маркус отправился играть в футбольный клуб «Кёльн», с которым мюнхенцы имели неплохие деловые связи. Сезон 2004/05 "козлы" начинали во второй Бундеслиге, а по итогам первенства вышли в первую. Маркус принял участие в возвращении красных, но сыграл всего в 13 матчах.
Летом 2006 года «Кёльн» решил избавиться от нестабильного игрока и продал его в «Майнц», где Фойльнер наконец-то раскрылся. Не сумев спасти в первом своём сезоне клуб от вылета, он неплохо провёл два последующих сезона во второй Бундеслиге.
Летом 2009 года перешёл в дортмундскую «Боруссию». И первый сезон сразу же стал неудачным: он провёл в нём всего две игры. Летом 2010 года появились слухи о том, что он покидает команду. В 2011 году перешел в футбольный клуб Нюрнберг.
«Бавария»
«Боруссия» (Дортмунд)