Марсело Салайета начал свою футбольную карьеру в клубе «Данубио» в 1996 году. В своём дебютном сезоне в чемпионате Уругвая 18-летний Салайета забил 12 мячей в 32 матчах. Показав отличный результат Марсело в 1997 году перебрался в «Пеньяроль». В «Пеньяроле» молодой нападающий также себя отлично проявил, забив 13 мячей в 32 матчах, а также завоевав чемпионский титул и кубок Уругвая. Ещё в 1997 году Салайетой заинтересовались селекционеры итальянского «Ювентуса». В январе 1998 года Марсело подписал контракт с «Ювентусом». Став игроком туринского клуба Марсело редко попадал в основной состав, в чемпионате Италии сезона 1997/1998 Салайета сыграл всего пять матчей и забил один гол, Марсело также провёл два матча в кубке Италии. Несмотря на малое количество сыгранных матчей, Марсело стал чемпионом Италии сезона 1997/1998.
В октября 1998 года Марсело был отдан в аренду в клуб «Эмполи». За «Эмполи» в чемпионате Италии сезона 1998/1999 Салайета провёл 17 матчей матче и отметился двумя забитыми мячами. После окончания аренды в июне 1999 года, Марсело вновь был отдан в аренду, на этот раз испанской «Севильи». За два сезона, выступая сначала в первой лиге Испании, а затем и во второй, Салайета сыграл за «Севилью» 50 матчей и забил 10 мячей. Вернувшись из аренды в «Ювентус», Марсело изредка выходил в основном составе, сыграв за три сезона в чемпионате 35 матчей и забив 4 мяча. В январе 2004 года Марсело на правах аренды перешёл в «Перуджу», но и там Салайета не получал игрового времени, сыграв всего пять матчей.
В 2007 году перешёл в «Наполи», за который отыграл два сезона, после чего летом 2009 года был отдан в аренду «Болонье».
25 августа 2010 года игрок подписал 2-летний контракт с турецким клубом «Кайсериспор». 25 марта 2011 года нападающий расторг контракт с «Кайсериспором» по взаимному согласию.
7 мая 2011 года футболист достиг устной договорённости о возвращении в «Пеньяроль». 6 июля 2011 года Салайета подписал контракт с «Пеньяролем» сроком до 30 июня 2012 года.
Дебютировав в сборной Уругвая в 1997 году, он провёл за неё на данный момент 47 матчей, забил 10 голов.